Predomina el clima frío con una temperatura promedio de 14,5ºC., condiciones climáticas propias de un ambiente tropical húmedo con influencia de montaña, con altitudes entre los 2.200 y 2.700 metros sobre el nivel del mar, la precipitación anual fluctúa entre los 1.500 y los 2.200 m.m.. El comportamiento de las precipitaciones es bimodal, presentando dos períodos lluviosos durante el año, entre marzo-mayo y octubre-noviembre, y dos períodos secos entre diciembre y febrero y entre junio y agosto.

FLORA

La vegetación nativa es el bosque de niebla de inmensa diversidad biológica, siendo los principales bosques, Los Vásquez, la Represa, Cerro Asturias, La Aguada, las quebradas Espíritu Santo y la Gallinaza y el bosque de la ECA. En la actualidad estos bosques corresponden en mayor medida a plantaciones forestales de Pino pátula y bosques secundarios en diversas etapas sucesionales donde se pueden encontrar gran variedad de árboles como el Yarumo, reconocible desde lejos por el color blanco de sus hojas, Roble de tierra fría, Nigüitos, Arrayanes, Siete cueros, Chilcos, Amarraboyos,, Carboneros, Encenillos, Dragos, Chirlobirlo y Silbo-silbos entre otros.

Estos bosques cuentan con 540 especies, pertenecientes a 258 géneros y 113 familias botánicas, dentro de las que se encuentran plantas en todos los estratos del bosque: estrato arbóreo, sotobosque, bejucos, hierbas y helechos. Es necesario aguzar el ojo cuando se camina por los senderos de los bosques para observar la maravillosa diversidad de Bromelias, diminutas y coloridas Orquídeas, Anturios en diversos tamaños, y una incontable variedad de musgos, líquenes, pequeños helechos y hongos de todas las formas y colores, además de frutos silvestres como la frambuesa, Moras y el Mortiño (Vaccinium meridionale), también conocido con los nombres de Uvito de monte, Agráz o Arándano azul, la especie más frecuente en forma silvestre de Santa Elena y con la cual se elaboran una gran variedad de productos alimenticios, desde vino hasta tortas y mermeladas.

FAUNA

Cada bosque posee características especiales que albergan una importantísima riqueza de avifauna con 69 especies de aves, pertenecientes a 12 órdenes y a 27 familias taxonómicas; entre las más conocidas está el Barranquero (Momotus momota), el Carriquí (Cyanocorax yncas), el Carpintero (Piculus rubiginosus), las Pavas de monte (Chamaepetes goudoutii), Caravana (Vanellus chilensis), Tucán (Aulacorhynchus prasinus albivitta), Currucutú (Otus choliba c.f.), Mirla (Turdus fuscater), Gavilán (Buteo c.f. magnirostris), y una gran cantidad de colibríes.

Los mamíferos se agrupan en 19 especies, pertenecientes a 11 familias y seis órdenes taxonómicos. Entre los más comunes encontramos a la Chucha o Zarigüeya orejiblanca (Didelphis albiventris), el Gurre o Armadillo de nueve bandas (Dasypus novemcinctus), la Comadreja (Mustela frenata), Ardilla alazana (Sciurus granatensis), Conejo Sabanero (Silvilagus brasiliensis), Zorro (Cerdocyon thous) y el Erizo (Coendou prehensilis c.f.).

Con 41 especies pertenecientes a seis familias y dos órdenes taxonómicos de reptiles y anfibios, se llenan los bosques y humedales del corregimiento, los cuales son totalmente indefensos y no presentan ningún peligro para el ser humano. Entre los reptiles más comunes se pueden encontrar la Falsa coral (Liophis epinephelus) y la Culebra (Tantilla alticola) y Lagartijas (Anolis sp.), entre los anfibios hay gran variedad de Ranas y Salamandras.

Las mariposas con 72 especies de 22 familias, son los insectos más comunes y vistosos que adornan los paisajes del corregimiento, también se pueden encontrar Avispas cazadoras de arañas de la familia Pompiliadae, Grillos y Arañas de muchos tamaños y colores.

Santa Elena gracias a sus bosques es soporte de la gran riqueza hídrica de la zona. Allí nacen numerosas quebradas que abastecen algunos acueductos veredales y otros municipios, siendo las quebradas de Santa Elena, Piedras Blancas, y San Pedro sus afluentes más importantes en el abastecimiento de agua potable para la región.